Письмо Минфина России от 20.11.2019 № 03-11-06/89822

НКО не вправе применять УСНО, если ее единственным учредителем является АО.

В соответствии с п. 1 ст. 9 Федерального закона от 12.01.1996 № 7-ФЗ «О некоммерческих организациях» частным учреждением признается некоммерческая организация, созданная собственником (гражданином или юридическим лицом) для осуществления управленческих, социально-культурных или иных функций некоммерческого характера.

Согласно пп. 14 п. 3 ст. 346.12 НК РФ не вправе применять УСНО организации, в которых доля участия других организаций составляет более 25%.
Пунктами 1 и 2 ст. 105.2 НК РФ установлено, что в целях НК РФ доля участия лица в организации определяется в виде суммы выраженных в процентах долей прямого и косвенного участия этого лица в организации.

Долей прямого участия лица в организации признается непосредственно принадлежащая такому лицу доля голосующих акций этой организации или непосредственно принадлежащая такому лицу доля в уставном (складочном) капитале (фонде) этой организации, а в случае невозможности определения таких долей - непосредственно принадлежащая такому лицу, являющемуся участником этой организации, доля, определяемая пропорционально общему количеству участников этой организации.
Таким образом, некоммерческая организация, единственным учредителем которой является акционерное общество, не вправе применять УСНО.