Налогоплательщики (следует из письма) не должны отвечать за действия своих контрагентов, если обязательства по сделке реально исполнены. Для доказывания необоснованной налоговой выгоды необходимо подтверждать факты согласованности действий налогоплательщика и подконтрольных ему контрагентов, а также нереальности операций по поставке товаров (работ, услуг).

Также в письме указано, что при отсутствии доказательств подконтрольности контрагентов налоговый орган обязан доказать, что налогоплательщик недобросовестно подошел к выбору контрагента, и указать на обстоятельства, свидетельствующие о невыполнении операций контрагентом (по первому звену).

Особо отмечено, что недобросовестность контрагентов второго и последующих звеньев сама по себе не может возлагать на налогоплательщика негативные последствия. Данный подход подтвержден  судебной практикой (п. 31 Обзора судебной практики ВС РФ № 1 (2017), утв. Президиумом ВС РФ 16.02.2017, определения ВС РФ от 29.11.2016 № 305-КГ16-10399 и № 305-КГ16-14921 по делу № А40-120736/2015).

ФНС обращает внимание на то, что налоговые органы должны исследовать:

• отличался ли выбор контрагента от условий делового оборота или установленной самим налогоплательщиком практики осуществления выбора контрагентов;
• как производилась оценка условий сделки, риска неисполнения обязательств, деловой репутации контрагента, наличия у него производственных мощностей, персонала и т. п. (недобросовестные действия по выбору контрагента, повлекшие невыполнение операций контрагентом, могут свидетельствовать о получении налогоплательщиком необоснованной налоговой выгоды);
• заключались ли налогоплательщиком сделки преимущественно с контрагентами, не исполняющими своих налоговых обязательств.

В письме также даны рекомендации по оценке принятых налогоплательщиком мер по проверке контрагента, которые будут полезны не только налоговым органам, но и налогоплательщикам.