Размер штрафа зависит от постановки на учет филиала или от сообщении о его открытии.

При наступлении ответственности по ст. 116 НК РФ санкция подразумевает изъятие части дохода, что сопряжено с отсутствием у налогового органа возможности идентифицировать налогоплательщика в рамках налогового контроля и определить его налоговые обязательства. Если у налогового органа имеется возможность осуществить налоговый контроль и установить неуплату (неполную уплату) суммы налогов, соответствующее лицо подлежит привлечению к ответственности по ст. 122 НК РФ.

В рассматриваемом случае налоговая инспекция установила, что организацией не было допущено неполной уплаты налогов от деятельности через обособленные подразделения.

Соответственно у налогового органа не было оснований для привлечения организации к ответственности по статье 116 НК РФ, в связи с чем отменил решения нижестоящих судов и признал недействительным решение налоговой инспекции.